Empereurs de Habsbourg et leurs familles ont été enfouies en ce sens, la crypte impériale, depuis 1633. Sous l'église des Capucins, par la Hofburg, la résidence d'hiver de Habsbourg, sont les restes de 12 empereurs et 18 impératrices. Les 166 autres organismes ou restes appartiennent aux Habsbourg conjoints ou les archiducs ou archiduchesses.

Le tombeau de Franz Joseph, qui se trouve à côté de son épouse, Elisabeth, est l'un des plus visités et vénéré, il dispose d'un approvisionnement presque constant de fleurs fraîches. C'est une affaire plutôt austère en marbre et de bronze, mais Elizabeth est très ornée. L'impératrice Anna du Tyrol fut le premier enterré ici, et sa tombe est également très orné. Les styles varient considérablement avec le temps de boîtes de bronze clairs au complexes affaires dorés de style rococo ou baroques. Franz Joseph est le seul dont le tombeau est de Pierre, tous les autres sarcophages sont d'étain, bronze ou de cuivre orné d'argent et or.

Dans les années 60 les sarcophages ont été réarrangées et regroupées dans un ordre plus logique et certains ont été fortifiées jusqu'à à l'intérieur de nouveaux piliers bâtis qui sont là pour protéger le reste des vestiges – la climatisation a été ajoutée à la fois… même La crypte des Capucins est encore en usage, archiduc Karl Ludwig fut enterré ici en 2008.